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Jean
L'évangile johannique se distingue par son style méditatif, ses grands « Je suis » et son rythme de signes. Lis-le verset à verset, avec les commentaires en regard.
Le récit de la rencontre nocturne entre Jésus et Nicodème ouvre un cycle johannique consacré aux grands dialogues révélateurs (Nicodème, la Samaritaine, l'aveugle-né). Il prend place après les noces de Cana et la purification du Temple, dans une section où Jean montre Jésus inaugurant les « signes » messianiques. Le quatrième évangile, rédigé sans doute à Éphèse vers 90-100, s'adresse à des communautés confrontées à l'exclusion synagogale (cf. 9,22 ; 16,2) : Nicodème, archonton tôn Ioudaiôn (« un des chefs des Juifs »), pharisien et membre du Sanhédrin (cf. 7,50), incarne la figure ambiguë du croyant venu « de nuit » — la nyx johannique étant chargée d'une symbolique de ténèbres et de cheminement (cf. 13,30). Le genre est celui du dialogue de révélation, où le malentendu du partenaire (quiproquo typiquement johannique) permet à Jésus de hisser la conversation du plan terrestre au plan céleste.
L'articulation du passage est commandée par trois solennelles formules « Amen, amen, je te le dis » (vv. 3, 5, et 11 dans la suite), qui scandent la révélation. Nicodème ouvre par une confession partielle : Jésus serait un didaskalos (« maître ») venu apo Theou (« d'auprès de Dieu »), accrédité par ses sêmeia (« signes »). Mais Jésus déplace radicalement le débat : il ne s'agit pas de reconnaître un envoyé, mais de naître. Le verbe-clef gennêthênai anôthen (v. 3) joue sur l'ambiguïté délibérée du grec anôthen, qui signifie à la fois « de nouveau » et « d'en haut ». Nicodème ne retient que le premier sens et bute sur l'absurdité d'une seconde naissance utérine ; Jésus, lui, vise le second : une naissance d'origine céleste. Cette équivoque est intraduisible et fait toute la densité johannique du passage.
Au v. 5, Jésus précise : naître ex hydatos kai pneumatos (« de l'eau et de l'Esprit »). La formule a suscité d'âpres débats exégétiques. La tradition majoritaire, déjà patristique, y lit une référence baptismale : l'eau matérielle et le souffle de l'Esprit constituent ensemble le sacrement de la régénération. Certains exégètes contemporains (Bultmann en son temps, mais aussi des johanniens plus récents) ont voulu y voir une glose ecclésiastique, lisant primitivement « né d'Esprit » seul ; cette hypothèse manque cependant de toute base manuscrite. D'autres, comme Brown, Léon-Dufour ou Moloney, défendent une lecture sacramentelle assumée par Jean lui-même, prolongeant l'écho avec Ez 36,25-27 (« je répandrai sur vous une eau pure… je mettrai en vous un esprit nouveau »), arrière-plan vétérotestamentaire majeur du passage. Le v. 6 oppose alors deux régimes d'existence — sarx (« chair », l'humain livré à sa fragilité) et pneuma (« esprit ») — selon le dualisme johannique non substantiel mais qualitatif.
Le v. 8 déploie une comparaison d'une beauté rare, jouant à nouveau sur la polysémie : to pneuma signifie en grec aussi bien « le vent » que « l'Esprit », et le verbe pnei (« souffle ») partage la même racine. « Le vent souffle où il veut… ainsi en est-il de quiconque est né de l'Esprit. » La liberté souveraine du pneuma divin échappe à toute prise, à toute traçabilité (pothen erchetai kai pou hypagei, « d'où il vient et où il va »), et cette indisponibilité même est la marque de l'engendré spirituel. Échos avec Qo 11,5 (« tu ne connais pas le chemin du vent ») et Ez 37,9 (« viens des quatre vents, souffle ») nourrissent l'arrière-plan : la nouvelle naissance est une nouvelle création, comparable à la rouah qui planait sur les eaux primordiales (Gn 1,2).
Les Pères ont médité ce passage avec une intensité particulière. Origène, dans son Commentaire sur Jean (livre VI), souligne que Nicodème vient « de nuit » parce qu'il est encore dans la pénombre de la lettre : sa foi, fondée sur les signes, doit être conduite au mystère plus haut de la régénération. Pour Origène, anôthen désigne d'abord la provenance d'en haut, et la nouvelle naissance est une re-création à l'image du Logos. Jean Chrysostome, dans ses Homélies sur Jean (Hom. XXIV-XXV), insiste au contraire sur la pédagogie du Christ : Jésus laisse Nicodème buter sur l'image charnelle pour mieux l'élever ; le « de l'eau et de l'Esprit » désigne sans équivoque le baptême chrétien, et Chrysostome polémique contre ceux qui en relativisent la nécessité. Augustin, dans ses Tractatus in Iohannem (XI-XII), développe magnifiquement l'image du vent : « audis vocem eius, et nescis unde veniat aut quo vadat » devient pour lui le paradigme de la grâce, libre, gratuite, insaisissable, qui prévient toute œuvre de l'homme. Ambroise enfin, dans son De mysteriis et De sacramentis, s'appuie sur ce passage pour fonder la théologie baptismale latine de la régénération par l'eau et l'Esprit.
L'intertextualité biblique éclaire la profondeur du texte. La promesse d'Ez 36,25-27, lavage par l'eau pure et don d'un esprit nouveau, est l'arrière-plan immédiat ; Jr 31,31-34 sur la nouvelle alliance gravée au-dedans, et Jl 3,1-2 sur l'effusion de l'Esprit, complètent le tableau. Le Prologue johannique (1,12-13) anticipe explicitement notre passage : « ceux qui croient en son nom… sont nés non du sang, ni de la volonté de la chair, ni de la volonté de l'homme, mais de Dieu. » Paul rejoint Jean dans Tt 3,5 (« le bain de la régénération et le renouvellement par l'Esprit Saint ») et 1 P 1,3.23 thématise pareillement la « nouvelle naissance ». L'intertexte avec Gn 1-2 (création par le souffle, modelage de l'homme) et avec le baptême de Jésus (1,32-33, l'Esprit qui descend) constitue une typologie cohérente : le chrétien est re-créé par l'eau et l'Esprit comme l'humanité au matin du monde.
Théologiquement, ce passage formule une affirmation décisive : entrer dans le Royaume n'est pas affaire d'observance ni d'effort moral, mais d'engendrement nouveau. Il y a une discontinuité radicale entre l'ordre de la chair et l'ordre de l'Esprit, et seul Dieu peut faire passer de l'un à l'autre. Cette gratuité absolue — soulignée par l'image du vent — fonde la doctrine de la grâce et celle du baptême comme participation à la vie trinitaire. Nicodème, qui réapparaîtra en 7,50 puis en 19,39 pour ensevelir Jésus, devient la figure du croyant qui chemine lentement de la nuit à la lumière : son itinéraire suggère que la nouvelle naissance n'est pas un événement instantané sans suite, mais l'inauguration d'un parcours pascal où l'Esprit, librement, conduit l'homme jusqu'à reconnaître le Crucifié élevé (cf. 3,14-15, qui prolonge immédiatement notre péricope).